Для общего анализа предпочтительно использовать “утреннюю” мочу, которая в течение ночи собирается в мочевом пузыре; это снижает естественные суточные колебания показателей мочи и тем самым более объективно характеризует исследуемые параметры. Объём мочи для полного исследования – 70 мл и более. Моча должна быть собрана после тщательного туалета наружных половых органов в стерильную посуду. Для анализа можно собирать всю мочу, однако в неё могут попасть элементы воспаления мочеиспускательного канала, наружных половых органов и др. Поэтому, как правило, первую порцию мочи не используют. Вторую (среднюю) порцию мочи собирают в стерильную посуду. Посуда с мочой плотно закрывается крышкой.

Несоблюдение этого правила может повлечь за собой выявление повышенного количества эритроцитов и лейкоцитов в моче, что затруднит постановку правильного диагноза. Можно использовать мыльный раствор (с последующим обмыванием кипячёной водой), 0,02% раствор фурацилина, 0,02 - 0,1% раствор перманганата калия)

Перед сдачей мочи на анализ нежелательно применение лекарственных веществ, т.к. некоторые из них (в частности, аскорбиновая кислота, входящая в состав большинства комплексных витаминных препаратов) оказывают влияние на результаты биохимических исследований мочи.