Хламидии относятся к отдельной группе микроорганизмов эубактериальной природы.

Патогенными для человека являются следующие виды этих микроорганизмов: С. pneumoniae, С. psittaci, С. trachomatis. С. trachomatis и С. pneumoniae. Chlamydia trachomatis серотипов D-K является основным возбудетелем мочеполового хламидиоза.

Хламидии способны проникнуть в клетку хозяина, размножиться в ней и выжить в период перехода из клетки в околоклеточную среду. Особое значение играют иммунные процессы в развитии заболевания, вызванного хламидийной инфекцией. Новые воспаления способствуют усилению степени иммунного ответа хозяина и степени патологических повреждений.

Полный цикл развития обычно составляет 48 - 72 ч. Продолжительность зависит от клетки-хозяина, штамма и условий окружающей среды. Как и другие облигатные внутриклеточные паразиты, она может менять защитные механизмы клетки-хозяина.

У человека может быть обнаружена персистентная инфекция, при которой возбудитель находится в контакте с клеткой-хозяином длительное время, но не растет, что указывает на его существование в изменённом состоянии. Персистенция не всегда проявляет себя клинически.

Персистенция под влиянием внешних факторов представляет собой отклонение от характерного для хламидий цикла развития. Отклонение выражается в замедлении цикла развития, которое вызвано отличием условий окружающей среды от типичных условий, которые соблюдающихся при культивировании клеток.

Постоянное присутствие этих микроорганизмов внутри клетки-хозяина (персистенция), когда не выявляется их рост, считают главным фактором в патогенезе хламидийной инфекции.

Из-за особенностей хламидий, антибактериальные препараты против них часто не так эффективны, как против обычных бактерий, поэтому лечение хламидиоза более сложное и трудоемкое.